Een vrachtbrief heeft meerdere functies. In de vrachtbrief worden afspraken, die partijen in het kader van de vervoerovereenkomst hebben gemaakt, schriftelijk vastgelegd. Het is daarmee een belangrijk bewijsmiddel in geval van schade.
Bij het gebruik van een vrachtbrief speelt er veel meer, zoals het regelen van de toepasselijke algemene voorwaarden en het verkrijgen van een ontvangstbewijs. Een vrachtbrief is ook van belang bij controles door de overheid (bijvoorbeeld: door ILT en FIOD).
Het gebruik van de papieren vrachtbrief zal minder worden als de elektronische vrachtbrief op grotere schaal kan worden gebruikt. Nu is dat voor grensoverschrijdend vervoer niet altijd mogelijk. Niet alle lidstaten hebben het E-protocol goedgekeurd, wat op 27 mei 2008 is toegevoegd aan CMR-verdrag.
In de Benelux-landen kan de elektronische vrachtbrief wel worden gebruikt, omdat op 8 maart 2018 een drie jaar durende proef is gestart.